Болашақ АЭС орналасқан жердің Балқаш көлімен ешқандай байланысы жоқ.
Бұл қуат жүйесінің конфигурациясына байланысты. Өйткені дәл осы жерде бізде электр қуатын өндіретін станциялар іс жүзінде жоқ. АЭС суды кәдімгі станциялардан артық қажет етпейді. Мысалы, Екібастұзда әрбір МАЭС-те су қоймасы бар. АЭС-те мұндай резервуардың көлемі артығымен болады.
Суды мүлде пайдаланбайтын құрғақ градирня технологиясы да қарастырылуда.Құрғақ градирня дегеніміз жүйеде айналатын суды салқындату үшін электр станцияларында қолданылатын құрылғы. Құрғақ градирня автокөлік радиаторы секілді суды салқындату үшін үлкен жылу алмастырғыштар мен желдеткіштерді пайдаланады. Бұл судың температурасын оның көлемін жоғалтпай төмендетуге мүмкіндік береді.
Табиғи су қоймаларының жағасында АЭС салу тәжірибесі кең таралған және әлемнің бірде-бір елінде станцияның су қоймасына теріс әсер ететін факторлары әлі кездескен жоқ. Керісінше, атом электр станциясын қоршап тұрған экожүйе белгілі бір даму үстінде. Сонымен, атом электр станцияларының салқындатқыш тоғандарында балықтың ондаған түрі өсіріледі, тіпті халықаралық балық аулау чемпионаттары ұйымдастырылады.
АЭС пен Балқаштың арасында су алмасу болмайды. АЭС Балқаштан қоректенетін болады. Бұл бір жақты процесс. Қажетті көлемді қамтамасыз ету үшін градирлеу мұнаралары мезгіл-мезгіл Балқаш суымен қоректенетін болады. Бұл Балқаштың табиғи булануының шамамен 0,5%-ын құрайды. АЭС-тың қалдық суы Балқашқа түспейді. Радиацияның су қоймасына түсу қаупі жоқ. Өйткені, салқындату үшін пайдаланылатын су реактордың өзімен түйіспейді.